Od października 2025 r. w trakcie kontroli NUCS można zrobić korektę deklaracji również co do części nieprawidłowości
16/03/2026
Zmiany w przepisach regulujących kontrolę NUCS oraz szerzej – mechanizmy prowadzenia kontroli celno skarbowej – należą do najistotniejszych nowelizacji prawa podatkowego ostatnich lat. Nowe regulacje, które wejdą w życie 1 października 2025 r., znacząco modyfikują pozycję podatnika zarówno na etapie wszczęciu kontroli celno skarbowej, jak i po jej zakończeniu. W szczególności ustawodawca dopuścił możliwość złożenia korekty deklaracji obejmującej jedynie część ustaleń organu, co dotychczas było wykluczone.
Nowelizacja ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej oraz przepisów powiązanych wprowadza rozwiązania, które w praktyce zmieniają sposób prowadzenia kontroli celno skarbowych przez organy krajowej administracji skarbowej i wpływają na dalsze postępowanie podatkowe.
Nowe uprawnienia podatnika w toku kontroli celno-skarbowej
Dotychczasowa praktyka kontroli celno skarbowej opierała się na rozwiązaniach zero-jedynkowych. Po doręczeniu kontrolowanemu wyniku kontroli, podatnik mógł albo zaakceptować całość ustaleń, składając korektę rozliczeń, albo nie zgodzić się z nimi w całości, co powodowało automatyczne przekształcenie kontroli celno skarbowej w postępowanie podatkowe.
Po zmianach sytuacja ulega zasadniczej modyfikacji. Od 1 października 2025 r. podatnik będzie mógł złożyć korektę deklaracji po zakończeniu kontroli celno skarbowej, która częściowo uwzględnia ustalenia kontroli. Oznacza to, że nie będzie już konieczności akceptowania całością ustaleń kontroli, aby uniknąć eskalacji sporu.
Nowe przepisy przewidują, że korekta deklaracji złożona po zakończeniu czynności kontrolnych może obejmować jedynie te elementy wyniku kontroli, z którymi podatnik się zgadza. W pozostałym zakresie objętym kontrolą sprawa będzie dalej procedowana w ramach postępowania podatkowego, jednak wyłącznie co do spornych elementów.
Złożenie pierwotnej deklaracji w trakcie kontroli
Równie istotną zmianą jest możliwość złożenia deklaracji pierwotnej w sytuacji, gdy pierwotnej deklaracji nie złożono przed wszczęciem kontroli. Nowelizacja jednoznacznie przesądza, że podatnik może dokonać złożenia deklaracji pierwotnej:
po wszczęciu kontroli celno skarbowej, tj. po doręczeniu podatnikowi upoważnienia lub doręczeniu kontrolowanemu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli,
po zakończeniu kontroli celno skarbowej, tj. po doręczeniu wyniku kontroli.
Na dokonanie złożenia deklaracji albo złożenia korekty deklaracji podatnik ma terminie 14 dni, liczony jako 14 dni od dnia doręczenia odpowiednio: dnia doręczenia upoważnienia albo dnia doręczenia wyniku kontroli.
W praktyce oznacza to, że nawet jeśli została wcześniej złożona wadliwa albo nie została złożona żadna deklaracja, podatnik zyskuje realne narzędzie do uporządkowania rozliczeń już na etapie kontroli celno skarbowej.
Skutki częściowej korekty deklaracji
Największe znaczenie praktyczne ma wprowadzenie instytucji częściowej korekty. Korekty deklaracji składane po zakończeniu kontroli nie muszą już prowadzić do skorygować całość rozliczeń. Wystarczające będzie skorygowanie deklaracji w części, w jakiej podatnik zgadza się z ustaleń kontroli celno zawartych w wyniku kontroli celno skarbowej.
Jeżeli naczelnik urzędu celno skarbowego dokona uwzględnieniu korekty deklaracji, wówczas zakończenie całej kontroli nastąpi w tej części, a dalsze postępowanie podatkowe będzie ograniczone wyłącznie do spornych elementów. W efekcie kontrola celno skarbowa przekształca się w postępowanie jedynie w zawężonym zakresie.
Warto przy tym podkreślić, że korekta deklaracji ani ponownej korekty po zakończeniu kontroli nie może prowadzić do cofnięcia ustaleń kontroli – w tym zakresie nie wywołuje skutków prawnych, chyba że zachodzą ustawowe wyjątki, np. w celu uniknięcie podwójnego opodatkowania dochodu na terytorium innego państwa.
Terminy i formalizm – na co musi uważać podatnik?
Zarówno złożenie pierwotnej deklaracji, jak i złożenia korekty deklaracji wymaga zachowania ścisłych terminów. Kluczowe znaczenie mają:
dni od dnia doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli,
dni od dnia doręczenia wyniku kontroli.
Niedochowanie terminie 14 dni skutkuje tym, że kontrola celno skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe z mocy prawa. Postępowanie to prowadzi nadal naczelnik urzędu celno, a przedmiotem postępowania staje się konkretne zobowiązanie podatkowe.
Co istotne, nawet złożona deklaracji podatkowej albo korekta deklaracji złożona w terminie nie zawsze zamknie sprawę. Jeżeli organ uzna, że istnieją przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego, również dojdzie do przekształceniu kontroli.
Sankcje i dodatkowe zobowiązanie podatkowe
Zmiany w ustawie o KAS korespondują z regulacjami ustawy o VAT oraz zasadami ustalania dodatkowego zobowiązania podatkowego. W zależności od momentu złożenia korekty oraz tego, czy doszło do obniżenia podatku należnego albo zwrotu podatku naliczonego, sankcja może wynosić 15% albo 20%.
Nowelizacja przesądza, że sankcja w wysokości 15% będzie miała zastosowanie również w przypadku złożenia pierwotnej deklaracji po wszczęciu kontroli. Ma to istotne znaczenie dla podatników, którzy wcześniej nie dopełnili obowiązku złożenia deklaracji podatkowej.
Przepisy przejściowe i zakres zastosowania zmian
Nowe regulacje znajdą zastosowanie wyłącznie do kontroli celno skarbowych wszczętych od 1 października 2025 r.. W przypadkach, w których doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli albo doręczenia wyniku kontroli nastąpiło wcześniej, stosuje się dotychczasowe zasady.
Oznacza to, że w wielu przypadkach organy podatkowe twierdziły nadal będą działać według „starego” modelu, co może prowadzić do zróżnicowania sytuacji podatników w zależności od daty rozpoczęcia kontroli.
Podsumowanie
Zmiany, które wejdą w życie jesienią 2025 r., należy ocenić jako krok w stronę większej elastyczności i racjonalizacji sporów podatkowych. Możliwość częściowej korekty, ponowne skorygowanie deklaracji w ustawowych granicach oraz dopuszczenie złożenia pierwotnej deklaracji w toku kontroli celno skarbowej realnie wzmacniają pozycję podatnika wobec organu podatkowego.
Jednocześnie nowelizacja wpisuje się w szerszy nurt zmian prawa podatkowego, których celem jest ograniczenie eskalacji sporów i skoncentrowanie zasobów krajowej administracji skarbowej na przypadkach rzeczywiście wymagających ingerencji represyjnej. Dla podatników oznacza to konieczność jeszcze bardziej świadomego zarządzania ryzykiem podatkowym – zwłaszcza w zakresie terminów, formalizmu i strategicznych decyzji podejmowanych po wyniku kontroli.
autor: Andrzej Nowak
Prezes zarządu KPAN, doradca podatkowy
Skontaktuj się z nami
Doradca biznesowy skontaktuje się z Tobą
i wspólnie ustalimy czy i jak możemy Ci pomóc?
Pracujemy od poniedziałku do piątku
w godzinach od 9:00 do 17:00
Wypełnij formularz
Więcej z naszego bloga
